採取自駕系統的最大好處就是技術的自有化，可以預見如果台南捷運真的採取自駕系統，會有機會帶動相關產業鏈進駐台南，進而在產值、就業等等發展帶來正面幫助；只是目前無人自駕技術還在發展階段，各國即使有在嘗試各種自駕巴士，選擇的路線大多是交通沒那麼繁忙的區域，雖然台南捷運高架是優先路權，接近全封閉場域，但將這樣的技術運用在人口密集區域仍然存在相當大的疑慮。

自駕系統對比原本規劃的單軌系統，成本會顯著降低，但是單軌系統所能夠提供的穩定度與舒適度，自駕系統應該會需要數十年的時間才有辦法趕上，台南捷運原本的目的在有效解決鬧區交通運輸問題，第一個採用自駕系統等同讓台南市民成為白老鼠，屆時台南捷運如果無法維持穩定服務，再便宜的方案都將因為投資利用率降低而面臨虧損，實驗路線應該另外闢設，而不是讓台南市民承擔這樣的風險。

交通部希望台南採用淡海輕軌系統，但該系統預期需要更大的量體與空間，對於台南原本就存在的道路狹窄問題無異是雪上加霜，除非選擇取消綠線規劃，讓輕軌運行於都會區外環道路，搭配提高市區公車班次來提供服務，否則過去多場說明會所達成的共識恐怕又要重新來過。

自駕系統使用的高架結構也許有機會在未來改為單軌使用，但這樣的改變往往需要數十年的時間，過去台南鐵路地下化就因為方案的變更引發民眾抗爭，導致規劃的時程不斷延後，希望決策者能夠三思。